根据教育部全国第四轮学科评估结果，南京医科大学公共卫生与预防医学被评为A类学科。护理学、口腔医学、基础医学、临床医学、药学被评为B类学科。
、2024年南京医科大学A类学科情况一览
| 学科 | 学科评级 | 所属专业类 |
|---|---|---|
| 公共卫生与预防医学 | A+ | 医学 |
、2024年南京医科大学B类学科情况一览
| 学科 | 学科评级 | 所属专业类 |
|---|---|---|
| 护理学 | B+ | 医学 |
| 口腔医学 | B+ | 医学 |
| 基础医学 | B+ | 医学 |
| 临床医学 | B+ | 医学 |
| 药学 | B | 医学 |
附：教育部评级比例
| 评估结果 | 全国排名 |
|---|---|
| A+ | 前2%（或前2名） |
| A | 2%～5%（不含2%，下同） |
| A- | 5%～10% |
| B+ | 10%～20% |
| B | 20%～30% |
| B- | 30%～40% |
| C+ | 40%～50% |
| C | 50%～60% |
| C- | 60%～70% |
